โรงเรียนบ้านธารนพเก้าเป็นโรงเรียนประชาบาล ประเภทอำเภอจัดตั้ง ซึ่งราษฎรในหมู่บ้านคลองอีนพใน หมู่ที่ 6 ตำบลเขาฉกรรจ์ อำเภอสระแก้ว จังหวัดปราจีนบุรี ได้ร่วมกันสละทรัพย์ ที่ดิน และแรงงาน ปลูกสร้างอาคารเรียนแบบ ป.ซ ขนาด 2 ห้องเรียน ในที่ดิน 18 ไร่ ซึ่งได้มาจากการบริจาคของราษฎรผู้มีรายชื่อดังต่อไปนี้
1. นางทองอินทร์ ศรีจำปา จำนวน 5 ไร่
2. นายกุ่ม ประดับศรี จำนวน 5 ไร่
3. นายหลาบ กริ่มใจ จำนวน 5 ไร่
4. ราษฎรบริจาค จำนวน 3 ไร่
แต่ต่อมาเกิดความขัดแย้งในเรื่องการบริจาคเงินค่าที่ดินที่ราษฎรบริจาค จำนวน 3 ไร่ จึงยกเลิกการบริจาค จึงเหลือที่ดินเพียง 15 ไร่ ต่อมานายรด เกือบกลาง บริจาคอีก 2 งาน นอกจากนี้ราษฎรยังได้บริจาคอุปกรณ์การศึกษาให้อีก ประกอบด้วย กระดานดำ 4 แผ่น โต๊ะเก้าอี้ ครู 1 ชุด และม้านั่งสำหรับเรียน จำนวน 50 ชุด โรงเรียนเปิดทำการสอนตั้งแต่ชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 ถึงปีที่ 6 แรกเปิดมีนักเรียน 110 คน ทำการสอนตั้งแต่ชั้น ประถมศึกษาปีที่ 1 ถึงปีที่ 4 ทางราชการได้ส่งนายปรีดา แสงศรีจันทร์รัตน์ ตำแหน่งครู 1 ระดับ 1 โรงเรียนบ้านคลองสิบสาม มารักษาการณ์ในตำแหน่งครูใหญ่ เป็นโรงเรียนที่มีครูสอนคนเดียว เปิดทำการสอน ในปีการศึกษา 2521 มีชื่อว่าโรงเรียนบ้านธารนพเก้า นายอาทิตย์ ละมุน หัวหน้าหมวดการศึกษาอำเภอสระแก้ว จังหวัดปราจีนบุรี มาเป็นประธานในการเปิด
ในปีการศึกษา 2537 ทางโรงเรียนได้เปิดทำการสอนในระดับมัธยมศึกษาตอนต้น ตามนโยบายขยายโอกาสทางการศึกษาของรัฐบาล
ในปี พ.ศ. 2540 มีผู้บริจาคที่ดินเพิ่ม จำนวน 5 ไร่ คือ
1. นางสมฤทธิ์ จากครบุรี จำนวน 1 ไร่
2. นางอบ สุดปัญญา จำนวน 1 ไร่
3. นางประจวบ เสือสุวรรณ จำนวน 3 ไร่